Die Geschichte erzählt vom Heldenmut der Mitglieder des kryptozoologischen Monarch Instituts, die sich einer Armee titanischer Monster stellen müssen. Darunter ist auch der mächtige Godzilla, der gegen Mothra, Rodan und seinen Erzfeind King Ghidorah um die Vorherrschaft ringt. Beim Kampf dieser uralten Superkreaturen, die bis dahin nur als Mythen galten, steht auch die Existenz der Menschheit auf dem Spiel.